Dom Afonso III

mandou construir este templo, em arenito vermelho, ao término do século 13 no local da mesquita velha. O estilo é Gótico com um plano de chão na forma de uma cruz latina com três naves e um portal principal semelhante ao aquele do Mosteiro de Batalha. Suas distintivas principais são a abóbada e o túmulo de Dom João II

. Ele morreu em Alvor, foi enterrado na catedral em Silves e dois anos depois, o corpo foi trazido ao Mosteiro em Batalha. Os restos mortais de bispos e nobres de Silves jazem debaixo do pavimento dos corredores e nas paredes.